尹璋琦的主要科研方向為“懸浮光力學與量子精密測量”與“量子計算與量子模擬”。已主持完成自然科學基金青年項目和面上項目各一項,教育部重點項目子課題一項。已在Nat. Phys.、Phys. Rev. Lett.、Phys. Rev. A、Science Bulletin 等學術刊物上發(fā)表論文七十余篇。據(jù)Google Scholar檢索,截止 2022年8月已被引用3300余次,論文 h 指數(shù)為29,12篇論文引用超過100次,其中單篇最高引用超過360次,被中國科學技術信息研究所評為“2007年中國百篇最具影響力國際學術論文”。曾獲2015年陜西省科學技術一等獎,《Science Bulletin》2017年度高影響力論文獎,西安交通大學優(yōu)秀博士論文獎等。